电影情节描述了一个充满战斗和冲突的未来世界，前人类和普通人类之间的种族战争愈演愈烈。野野村组长去世后，吉川、当麻纱绫和濑文焚流等人聚集在未详总部，试图揭示J教授的真实身份。然而，当麻突然发现了真相，同时，警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到了残酷的屠杀，激怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC力量，导致她陷入疯狂的状态。在犹大、世界、润等人的见证下，法蒂玛的第三预言得以实现。一朵恐怖的蘑菇云升起在天空，无数的巨人在遮天蔽日的黑暗中涌现，世界陷入了欲望和毁灭的恶梦之中。在这个命运的交汇点，当麻和焚流能否挽救世界免于毁灭？电影充满了紧张的情节和悬疑，表现了角色们在面对绝望时的奋斗和抉择。