为了对抗怪兽威胁，地球防卫部挑选了一群拥有特殊能力的“超人类”，他们携带着“M染色体”使他们在体能和敏捷性方面超越普通人，其中的佼佼者是“尾崎真一少尉”。最近，人们发现了一个巨大怪物的遗骸，具有生物和机械的特性，被怀疑来自外太空。尾崎真一接到来自婴儿岛“小美人”的警告，称这个怪物是被封印的“盖刚”，其出现意味着人类将面临巨大的危机。盖刚出土后，世界各地的怪物突然在同一时间发动攻击，让地球防卫部陷入困境。然而，神秘的飞行器出现，将这些怪物全部带走，自称“X星人”的外星访客声称与人类建立同盟关系，却在后来被揭示为外星侵略者。尾崎真一和道格拉斯等人揭露了X星人的阴谋，发现他们是要将人类当作粮食利用。地球防卫军在与外星人的战斗中几近溃败，只有轰天号幸存。在绝境中，道格拉斯提出了一个大胆计划，即解封南极的哥吉拉，让地球最强大的怪物去对抗外星侵略者。这一决策将决定地球的命运，而哥吉拉能否挽救人类，成为最后的希望。