《神之谜题第一季》是一部以私立学院学员高等部为舞台的故事。故事的主人公是大门界人，一个高一学生，他对谜题十分着迷并自信能够解开所有的谜题。有一天，大门界人受到学生会长的邀请，邀请他和他的青梅竹马少女野叶一起前往学校附近的遗迹解开一道"不能解开之谜"。他们发现这个谜题实际上是由一个神秘的智能集团制造的，这个谜题能够危及人类的生命，被称为"贤者之谜"。然而，因为对解谜的热爱，大门界人决定接受挑战。在某个时刻，他获得了一件重要的"物件"，从此被称为"解答者"。从那一刻起，大门界人开始与野叶和其他个性鲜明的解答者们一起挑战世界各地潜藏的"贤者之谜"。故事随着他们的冒险展开，每个"贤者之谜"都充满了挑战和危险。大门界人和他的团队不断解决谜题，揭示出背后的真相，并努力阻止这个神秘智能集团对人类生命的威胁。《神之谜题第一季》充满了悬疑、解谜和冒险，同时也展现了主人公们的友情和成长。他们必须共同合作，利用各自的才智和技能，克服困难，保护人类免受"贤者之谜"的危害。