《赛德克·巴莱》的下部讲述了莫那鲁道率领赛德克族人在公学斩杀异族血祭祖灵后,获得通过彩虹桥的资格,但这也意味着他们必须在英勇战斗后从容赴死。日本方面得知消息后,陆军少将镰田弥彦率领军队与警察组成的联合部队,迅速发起讨伐。马赫坡等社分头行动,利用地形优势和灵活战术对日军先头部队造成了重大杀伤。山地警小岛成功劝说铁木瓦力斯连同部落加入日军阵营,协助围攻莫那鲁道。在开战初期,妇孺为了不拖累战士们纷纷自尽,矛盾中的一郎选择了切腹。镰田弥彦对部队的缓慢推进大为不满,使用糜烂性炸弹对付赛德克人。最终,莫那鲁道迎来了最后决战的时刻。